当庵は臨済宗東福寺派の末寺であり、室町時代の明応年間（1492年～1501年）の創建であります。
開山は東福寺開山聖一国師の法嗣、春嶽士芳禅師。
「妙喜庵」の寺号は、宋の大慧禅師の庵号からつけられたもので、連歌の祖である山崎宗鑑の隠棲地であると伝えられております。
当庵三世功叔士紡の時、世に名高い天下分け目の天王山の合戦がおこったが、戦後も秀吉はしばらくの間山崎を本拠として屋敷を構えて住み、千利休を時として招いていたとのことです。
この功叔和尚は利休の弟子といわれており、秀吉が山崎にて茶会を催した折には利休の手伝いをしていたようです。
山崎の地は古（いにしえ）より油の販売でにぎわったところでありましたが、江戸時代になる頃には次第にさびれてきて明治時代に入った頃には、東福寺派の寺院も廃寺となる寺が多いなか、当庵は昔の面影を残しております。
俳諧連歌の祖といわれる宗鑑は近江源氏佐々木義清の子孫であり1465年ごろ現在の滋賀県草津市志那町に生まれ、名を弥三郎範重といい、足利九代将軍義尚の祐筆となり大変かわいがられていたといいます。
そして、義尚の死去にあったのを期に人生の無常を悟り髪を切って尼崎に隠居していましたが、一休禅師の指導を受け、その禅風を伝え明応年間に山崎の地に隠棲しておりました。
この山崎の住みしより「山崎」を姓とし、題材に大衆的なものを取り入れた人間味あふれる俳諧連歌を完成し、風月を友として連歌にふけり、油を担って京へ行き終日売り歩いて帰庵するのを常としていたようです。そしてそのころ「犬筑波集」を編集したと言われています。
重要文化財に指定されている書院は、室町時代の文明年間（1469年～1487年）に妙心寺の霊雲院の書院を模して当庵開山春嶽禅師によって建てられた書院造の建造物で、山崎宗鑑の旧居とも言われています。
仏間正面には、ご本尊聖観音様をおまつりし、左側に千利休像を安置します。
特徴はその梁、長押の木材の細さにありますが、強度は十分に保たれています。
上の「妙喜庵」の額は、東福寺の南宗流という書道の開祖の筆で、室町時代のものです。
待庵の東側、もう一つの書院「明月堂」の前庭にある袖摺りの松は秀吉の衣の袖が触れたということから、名づけられました。現在は枯死してしまい三代目の松になっていますが、枯死した松は当庵名物「老松の茶杓」として連綿と息づいています。
「明月堂」は月が昇るのをよく眺めることのできる茶室で、同様に宗鑑の旧居とされていて桃山時代後期（慶長年間）の建造であったといわれておりますが、現在の明月堂は後年（昭和初期）に新築されたものです。
また、書院広縁の突き当りには杉戸があり表には今は見えませんが松と鶴が描かれており、裏には雪中古木に山鳥が二羽描かれています。この絵は狩野山雪の書と伝わります。